Dynamique moléculaire

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Description

La modélisation moléculaire est l’ensemble des techniques théoriques pour l’étude du comportement des molécules. Ces techniques sont fréquemment utilisées en bio-informatique, où l’on s’intéresse à la structure et à la dynamique des molécules qui composent les êtres vivants : protéines, ADN et ARN, membranes biologiques, etc.

Ces molécules sont complexes (plusieurs milliers d’atomes) et représentent un défi computationnel important. Simuler les propriétés de ces molécules est un problème non trivial qui requiert des techniques de décomposition en domaines pour la parallélisation. Ce type de calcul requiert typiquement beaucoup de communications entre les nœuds de calcul, et une connectivité InfiniBand QDR est souhaitable afin de minimiser la synchronisation des processus.

Applications et bibliothèques de dynamique moléculaire

Parmi les applications ou bibliothèques logicielles de dynamique moléculaire les plus communes, plusieurs sont installées sur les superordinateurs de Calcul Québec. On compte notamment les suivantes :

Pour une liste détaillée des versions installées sur chaque serveur, référez-vous aux modules installés sur chacun des serveurs de Calcul Québec.


Forces et faiblesses des applications

À compléter.

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