Materials Studio

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Note : Cette documentation a été testée sur Colosse. Certaines instructions pourraient être différentes sur d'autres serveurs.

Sommaire

Description

Matérials Studio est un environnement complet pour la modélisation et la simulation conçu pour permettre aux chercheurs en science des matériaux et en chimie de prévoir et comprendre les relations entre la structure atomique et moléculaire d'un matériau et ses propriétés.

Materials Studio est une application commerciale, chaque groupe de recherche désirant l'utiliser à Calcul Québec doit donc fournir sa propre licence.

Utilisation sur Colosse

Disponibilité

Pour utiliser Materials Studio sur Colosse, assurez-vous que votre gestionnaire de projet possède bien une licence pour ce produit commercial. Pour savoir si Materials Studio est disponible pour vous rapidement, après vous être connecté via SSH sur Colosse, entrez la commande

[nom@serveur $] module avail


pour lister toutes les applications disponibles. Vous devriez voir apparaître (généralement) au bas de l'écran

apps/MaterialsStudio/6.0

Notez bien que la présence de l'application ne vous donne pas nécessairement le droit de l'utiliser. Communiquez avec votre gestionnaire de projet pour connaître la disponibilité du logiciel.

Clés et configuration ssh

Materials Studio utilise une procédure de lancement des tâches requérant la mise en place d'un processus d'authentification automatique sur les nœuds de calcul. Comme aucune information ne peut être entrée par l'usager lors des communications entre les nœuds, il peut être nécessaire de générer des clés SSH. Sur certains serveurs, cette étape est effectuée automatiquement. Pour tester si c'est le cas, vous pouvez utiliser la commande

[nom@serveur $] ssh localhost


La connexion ssh devrait fonctionner sans demander aucune action de votre part. Si ce n'est pas le cas, vous devrez générer des clés SSH.

Liste des applications disponibles

  • RunAmorphousCell.sh
  • RunCASTEP.sh
  • RunDFTB.sh
  • RunDFTBpara.sh
  • RunDMol3.sh
  • RunDPD.sh
  • RunDiscover.sh
  • RunEquilibria.sh
  • RunGULP.sh
  • RunKinetix.sh
  • RunMatServer.sh
  • RunMesoDyn.sh
  • RunONETEP.sh
  • RunQMERA.sh
  • RunMatScript.sh
  • RunVAMP.sh

Lancer Materials Studio sur Colosse

Pour soumettre des tâches à l'ordonnanceur Moab, il faudra vous créer un script de soumission comme suit

Fichier : submit.sh
#!/bin/bash
 
#PBS -N give_a_name	     # Le nom de la tâche.
#PBS -A aaa-111-aa 	     # Projet auquel la tâche est assignée.
#PBS -l nodes=2:ppn=8        # Nombre de nœuds et de cœurs par nœud.
#PBS -l walltime=15:00:00    # Durée maximale de la tâche (ici quinze heures)
 
module load apps/MaterialsStudio/6.0
 
# Exécuter la tâche dans le répertoire courant
cd $PBS_O_WORKDIR
 
# Créer une liste des nœuds mis à la disposition de la tâche
DSD_MachineList="machines.LINUX"
/clumeq/bin/moabhl2hl.py --format HP-MPI > $DSD_MachineList
export DSD_MachineList
 
# Compte le nombre de cœurs alloués
NN=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)
 
# Tâche à exécuter
RunDMol3.sh -np $NN benzene


Ensuite il suffit de lancer cette tâche avec

[nom@serveur $] msub submit.sh


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