Ray

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Description

Ray est un logiciel parallèle qui calcule un assemblage génomique de novo à partir de données de séquençage de nouvelle génération. Ray est écrit en C++ et peut fonctionner en parallèle sur plusieurs ordinateurs interconnectés en utilisant la norme MPI.

L'assembleur Ray peut s'exécuter sur jusqu'à 100 000 cœurs de processeurs en utilisant le paradigme de passage de messages. Avec le routage par hypercube, c'est 4 096 cœurs maximum.

Une copie de Ray peut être obtenue à partir de http://denovoassembler.sourceforge.net/download.html

Installation sur Colosse

Fichier : script.sh
# charger l'environnement logiciel nécessaire
module load compilers/gcc/4.6.1 mpi/openmpi/1.4.5_gcc
 
# 
tar xjf Ray-vx.y.z.tar.bz2
cd Ray-vx.y.z
make PREFIX=$(pwd)/Installation HAVE_LIBZ=y
make install
 
# tester 
mpiexec -n 1 ./Installation/Ray -version


Communauté

Pour obtenir de l'aide ou des conseils, il y a une liste de discussions. http://denovoassembler.sourceforge.net/mailing-list.html


Données publiques

Il y a beaucoup de données disponibles librement et gratuitement.

Source de données Fournisseur Lien
European Nucleotide Archive (ENA) European Bioinformatics Institute (European Molecular Biology Laboratory) http://www.ebi.ac.uk/ena/
Sequence Read Archive (SRA) National Center for Biotechnology Information (U.S.A.) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
DNA Data Bank of Japan National Institute of Genetics (Japan) http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/
Sequence Read Archive (SRA) DNANexus, Inc. http://sra.dnanexus.com/
MG-RAST http://metagenomics.anl.gov/?page=MetagenomeSelect Argonne National Laboratory/U.S. Department of Energy

E. coli K12 MG1655

Commande

[nom@serveur $] mpiexec -n 32 Ray -k 21 -o Ecoli -p SRR001665_1.fastq.gz SRR001665_2.fastq.gz -p SRR001666_1.fastq.gz SRR001666_2.fastq.gz


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